Rencana pemberontakan Scar Chain hancur dan Ketua Nagi ditangkap Undertaker. Ganta yang frustasi karena tidak berkutik menghadapi Undertaker pun mulai menjalani latihan di bawah bimbingan Senji.

10 tahun setelah gempa besar Tokyo... Ganta Igarashi, salah satu korban yang selamat, menjalani hari-hari yang penuh kedamaian sebagai siswa SMP bersama teman-teman sekelasnya. Tapi, kemunculan laki-laki merah di sekolahnya mengacaukan hidup Ganta!

Ganta diajak bergabung dalam Scar Chain, grup anti-organisasi yang merencanakan penjebolan Penjara Massal Deadman. Berkat kata-kata Ketua Nagi yang mengharukan dan penuh inspirasi, Ganta pun memutuskan untuk berpartisipasi.